In reinen Brennstoffzellenbussen werden i. d. R. High-Power-Batterien mit einem begrenzten Speichervermögen (i. d. R. < 40 kWh für 12 m-Busse) verbaut. Allgemeine Hinweise zu Batterien sind unter Batterien - Elektroantrieb zu finden. Wie auch für Batteriebusse gilt, dass die Batterien im Laufe der Busnutzungszeit mindestens einmal ausgetauscht werden müssen. Dabei fallen Kosten von etwa 50.000 – 60.000 € an. Dient die Brennstoffzelle hingegen als Range-Extender, werden deutlich größere High-Energy-Batterien (≥ 200 kWh) verbaut.